（2020-08-23 追記修正）例の「右ALT のキーコードを左ALT のキーコードにしてしまう」yamy の設定ですが，mintty のときだけでなく常時そうしてしまうことにしました．

（2020-08-23 追記修正: ALTキーとして機能していなかったので，この設定を使うのはやめました．
https://noike.info/wp/knoike/2020/08/23/82964/
）

例の「右ALT のキーコードを左ALT のキーコードにしてしまう」yamy の設定ですが，mintty からフォーカスがはずれたときに ALTキーが押下されたままの状態になってしまうことがあったので，mintty のときだけでなく常時そうしてしまうことにしました．

# ↓ window mintty をやめ，常に有効にした．
# window mintty /mintty.exe/ : Global
       # 右 ALT を 左 ALT にする
       mod alt -= RightAlt
       key RightAlt = &VK( MENU )

# window Global # keymap を元に戻す

他のアプリへの影響や，そもそも最近の Cygwin だとどうなのか，などは調べていません．
何かうまい設定の方法があるのかもしれませんが，とりあえず，私としてはいまのところこれで問題なさそうです．

2019年1月21日
Cygwin の mintty で，左ALT+F2 だと新しく開けるのに，右ALT+F2 だと開けない不具合があったので，yamy で右ALTキーのキーコードを左ALTと同じキーコードに変えてしまうことで対処した．
https://noike.info/wp/knoike/2019/01/21/81340/